A környezetvédelmi, természetvédelmi és vízügyi felügyelőségekből két különálló hatóság jött létre. A környezetvédelmi, természetvédelmi és vízvédelmi hatósági feladatokat döntően a környezetvédelmi és természetvédelmi felügyelőségek látják el, de az önkormányzati környezetvédelmi hatóságoknak is van feladatuk. Az Országos Környezetvédelmi és Természetvédelmi Főfelügyelőség új feladatkörét már egy héttel a jogszabály elfogadását követően kiegészítették. A vízügyi igazgatási szervek a belügyminiszter felügyelet alá kerültek, míg a környezetvédelmi és természetvédelmi szervek a vidékfejlesztési miniszter irányítása alatt maradtak.